Tymczasem wielki drugarios Michał Stryphnos wraz ze współdowodzącym flotą ekskorsarzem Janem Stirione wyprzedali arsenał marynarki wojennej sprzeniewierzając uzyskane stąd dochody. W 1203 roku Bizancjum pozostało z potężnej floty tylko 20 okrętów wojennych.
IV krucjata W kilka miesięcy po śmierci cesarza Henryka, w styczniu 1198 roku zmarł papież Celestyn III. Wybrany na jego następcę Innocenty III, już w dwa tygodnie po swoim wyborze rozpoczął zabiegi wokół zorganizowania kolejnej wyprawy krzyżowej, mającej przyjść z pomocą zagrożonemu Królestwu Jerozolimskiemu. W 1201 roku z więzienia w Konstantynopolu zbiegł siedemnastoletni syn Izaaka II, Aleksy. Krzyżowcy, którzy pod wpływem apeli Stolicy Apostolskiej zaczęli w ciągu 1202 roku gromadzić się w Wenecji, nie zdołali zgromadzić środków niezbędnych na opłacenie floty weneckiej, mającej przewieźć ich do Palestyny. Ostatecznie by wyjść z impasu dowódcy krucjaty, zgodzili się na odroczenie należnej Wenecji części zapłaty, w zamian za pomoc w odzyskaniu odebranej Wenecjanom przez króla węgierskiego Zary. 15 listopada po pięciodniowym oblężeniu miasto zostało zdobyte. Ze względu na późną porę roku, utrudniającą żeglugę, krzyżowcy zostali w Zarze na zimę. Tam dotarli do nich wysłannicy syna Izaaka II, Aleksego.