Pope został pozbawiony dowództwa 12 września, a niedobitki jego armii zostały wcielone do Armii Potomaku McClellana. Resztę wojny spędził na tyłach, w północno-zachodniej Minnesocie, mając coś wspólnego z wojną z Dakotami w 1862 roku. Kilka miesięcy zwycięskiej kampanii na zachodzie opłaciło się jednak; został mianowany 30 stycznia 1865 roku komendantem „Military Division of the Missouri” (później przemianowanej na Departament Missouri), a 13 marca, za zwycięstwo w walce o wyspę nr. 10, został generałem majorem armii regularnej USA.
Po wojnie W kwietniu 1867 roku, Pope został mianowany gubernatorem rekonstruowanego Trzeciego Okręgu Wojskowego i założył swą główną kwaterę w Atlancie w stanie Georgia. Podejmował kontrowersyjne, z ówczesnego punktu widzenia, decyzje, zezwalając Afroamerykanom być ławnikami, polecając burmistrzowi miasta – mimo upływu kadencji – pozostać na urzędzie kolejny rok i zakazując lokalnym gazetom zamieszczania ogłoszeń sprzecznych z rekonstrukcją. Prezydent Andrew Johnson zdymisjonował go 28 grudnia 1867 roku, zastępując George’em G. Meade’em.