Krzyżuje się często z Thymus serpyllum, tworząc mieszańce o nazwie Thymus × oblongifolius Opiz, poza tym z: Thymus pycnotrichus (Uechtr.) Ronniger tworząc Thymus × henryi Ronniger, 1924, T. alpestris, T. austriacus, T. carpaticus, T. glabrescens, T. kosteleckyanus, T. marschallianus i T. pulcherrimus. Wciąż uznawany za takson mieszańcowy jest Thymus × citriodorus (Pers.) Schreb. – efekt skrzyżowania macierzanki zwyczajnej z macierzanką tymiankiem Thymus vulgaris. W 2005 roku wnioskowano o uznanie tego taksonu za odrębny gatunek na podstawie analizy DNA.
Zastosowanie Roślina lecznicza Surowiec zielarski Surowcem zielarskim jest ziele, które zawiera olejek eteryczny, flawony, fitoncydy, dużo garbników i inne substancje. Zbiór i suszenie Ziele można pozyskiwać do bezpośredniego użytku przez cały rok, jeśli przeznaczone jest do suszenia, zaleca się zbiór na początku kwitnienia. Ścina się nożycami nie zdrewniałe pędy kwiatowe i po usunięciu zanieczyszczeń suszy w cieniu. Suszone ziele należy chronić przed światłem i przechowywać w szczelnie zamkniętych naczyniach. Olejek pozyskiwany jest z suszu przez destylację wodną. Działanie i zastosowanie W medycynie ludowej roślina wykorzystywana była na różne sposoby, w tym jako składnik lekarstwa na kaszel.