Jedną z bezpośrednich przyczyn zniszczenia meczetu była opinia przedstawiona w lipcu 1992 przez grupę archeologów indyjskich, którzy stwierdzili, że meczet wzniesiony został na miejscu świątyni Ram Janmabhoomi. Do dziś przytoczone wówczas opinie archeologów wykorzystywane są w dyskusji politycznej na temat wydarzeń w Ayodhji w grudniu 1992 roku. W 2003 roku sąd stanowy w Uttar Pradesh zarządził przeprowadzenie badań archeologicznych mających jednoznacznie wykazać, czy należy odbudować meczet Babri, czy też wznieść w tym miejscu świątynię hinduistyczną. W ramach tych badań wykonano testy georadarem w miejscu zniszczonego meczetu, a następnie serię sondażowych badań wykopaliskowych w miejscu wykrycia anomalii geofizycznych. Trwające zaledwie kilka tygodni pospieszne badania wykopaliskowe przeprowadzone przez rządową instytucję Archaeological Survey of India doprowadziły do konkluzji, że meczet rzeczywiście wzniesiony został na pozostałościach starszej, średniowiecznej świątyni hinduistycznej.
Wykorzystywanie argumentów archeologicznych do uzasadnienia niszczenia zabytków zbulwersowało światową opinię archeologiczną, wywołując m.in.