W trakcie produkcji motocykl przechodził modyfikacje. W celu zapobieżenia blokowaniu koła przez błoto, wydłużono widelec zawieszenia o 10 mm. Zmieniono sposób mocowania zbiornika paliwa. Zaprzestano umieszczania na ramie poduszek chroniących kolana. Zmieniono filtr powietrza dostarczanego do gaźnika. Zamiast filtra mokrego, który często zamarzał w warunkach frontu wschodniego, zastosowano filtr wirowy z podgrzewaczem. Od 1943 zmieniono materiały, z których wykonywano niektóre elementy, ograniczając zużycie surowców strategicznych.
Służba Motocykle Zündapp KS 750 były stosowane przez wszystkie rodzaje wojsk armii niemieckiej, na wszystkich frontach II wojny światowej. Wykorzystywane były do zadań rozpoznawczych, łącznikowych, transportowych, układania kabli telefonicznych itp. Stosowano je także do holowania lekkich dział. Do połowy 1942 pojazdy dla wojsk lądowych były w kolorze ciemnoszarym (Dunkelgrau RAL 7021) (od 1943 w kolorze ciemno-żółtym bez numeru RAL (Dunkelgelb), dla Luftwaffe w kolorze czarnoszarym (Schwarzgrau RAL 7019) i dla Afrika Korps w kolorze Afryka beż (Afrika - Beige RAL 8000).