We wrześniu 1996 roku McGoldrick opuścił Arsenal i przeszedł za 300 tysięcy funtów do Manchesteru City, grającego w Division One. W "The Blues" po raz pierwszy wystąpił 21 września w meczu z Birmingham City (1:0). Na początku 1998 roku został wypożyczony do Stockport County. W międzyczasie City spadło do Division Two, jednak Eddie nie rozegrał żadnego spotkania w sezonie 1998/1999. W 2000 roku na krótko odszedł do amatorskiego Corby Town by następnie zakończyć karierę.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1986/87 Northampton Town
Division Four 39 5 1987/88 Northampton Town
Division Three 46 2 1988/89 Northampton Town
Division Three 22 2 1988/89 Crystal Palace F.C.
Division Two 21 0 1989/90 Crystal Palace F.C.
Division One 22 0 1990/91 Crystal Palace F.C.
Division One 26 0 1991/92 Crystal Palace F.C.
Division One 36 3 1992/93 Crystal Palace F.C.
Premiership 42 8 1993/94 Arsenal F.C.
Premiership 26 0 1994/95 Arsenal F.C.
Premiership 11 0 1995/96 Arsenal F.C.
Premiership 1 0 1996/97 Manchester City
Division One 33 0 1997/98 Manchester City
Division One 7 0 1997/98 Stockport County
Division One 2 0 1998/99 Manchester City
Division Two 0 0