Położenie Malmö leży w południowej Szwecji, w południowo-zachodniej części prowincji historycznej Skania nad cieśniną Öresund. Na przeciwległym brzegu, w odległości ok. 27 km, położona jest stolica Danii, Kopenhaga. Malmö jest centralnym ośrodkiem obszaru metropolitalnego Stor-Malmö, z oddalonym o 20 km uniwersyteckim Lund. Odległość do Sztokholmu wynosi 619 km oraz odpowiednio do Göteborga, 276 km.
Otwarty 1 lipca 2000 roku most nad cieśniną Öresund, łączący duńską wyspę Zelandię i Kopenhagę ze Szwecją i Malmö, umożliwia szybką podróż pomiędzy oboma miastami. Otwarcie mostu ułatwiło dynamiczny rozwój regionu Öresund, liczącego około 3 785 000 mieszkańców (2012) po obu stronach cieśniny.
Klimat
Malmö, podobnie jak cała Skania, leży w strefie klimatu umiarkowanego. Według klasyfikacji Köppena-Geigera Malmö położone jest w strefie klimatu umiarkowanego morskiego (Cfb).
Klimat Malmö charakteryzuje się niskimi rocznymi amplitudami temperatur z częstymi opadami z niską intensywnością oraz dużą wilgotnością powietrza. Temperatura latem jest umiarkowana, zimy są stosunkowo łagodne. Mgły są częste w okresie jesienno-zimowym. Zimą występują gwałtowne burze z silnym wiatrem.