Pomimo dobrego początku (ósme i pierwsze miejsce w pierwszej rundzie na torze w Hiszpanii), Japończykowi szło coraz gorzej i w konsekwencji okazał się gorszym nawet od swojego kolegi z zespołu, którego pokonał uprzednio w zimowym cyklu. Dziesięć punktów dało mu szesnaste miejsce w klasyfikacji generalnej.
Na przełomie lat 2008/2009 Kobayashi ponownie wystartował w zimowej GP2. Według ekspertów, był murowanym faworytem do tytułu z racji świetnych wyników na testach oraz odejściu większości kierowców z czołówki głównej serii. Wszystkie spekulacje okazały się trafne. Japończyk od początku prowadził w mistrzostwach, ostatecznie kończąc serię z tytułem mistrzowskim, z dużą przewagą nad swoim kolegą z zespołu. W sezonowej edycji Kobayashi znowu sobie nie poradził, potwierdzając tym samym słabą dyspozycję na europejskich torach (tylko raz stanął na podium, co miało miejsce na ulewnym torze Nürburgring). Ostatecznie suma trzynastu punktów dała mu ponownie szesnastą pozycję w klasyfikacji generalnej, w porównaniu z dziewiątą partnera, Jérôme d’Ambrosio.
Formuła 1 mały|Kamui Kobayashi podczas Grand Prix Abu Zabi (2009) mały|Kamui Kobayashi podczas Grand Prix Malezji (2010)