Gunnar Sauer (ur. 11 czerwca 1964 w Cuxhaven) – niemiecki piłkarz występujący na pozycji obrońcy.
Kariera klubowa Sauer zawodową karierę rozpoczynał w Werderze Brema. Debiut w Bundeslidze zaliczył 8 czerwca 1985 w przegranym 0:2 meczu z Borussią Dortmund. W sezonie 1984/1985 wywalczył z Werderem wicemistrzostwo Niemiec. W kolejnym sezonie ponownie wywalczył z Werderen wicemistrzostwo Niemiec. 10 kwietnia 1987 w wygranym 4:1 spotkaniu z Eintrachtem Frankfurt strzelił pierwszego gola w trakcie gry w Bundeslidze. W sezonie 1987/1988 zdobył z zespołem mistrzostwo Niemiec. W tym samym sezonie jego klub wywalczył Superpuchar Niemiec. W 1991 zdobył z Werderem Puchar Niemiec, w 1992 Puchar Zdobywców Pucharów, w 1994 ponownie Puchar Niemiec, a w 1995 po raz trzeci wywalczył z nim wicemistrzostwo Niemiec.
W 1996 roku odszedł do drugoligowej Herthy Berlin. W sezonie 1996/1997 awansował z nią do Bundesligi, ale nie rozegrał tam żadnego spotkania w barwach Herthy. W styczniu 1998 roku przeszedł do VfB Leipzig, grającego w 2. Bundeslidze. Do końca sezonu 1997/1998 rozegrał tam 12 ligowych spotkań.