Mimo wybuchu II wojny światowej, Sądy Grodzkie nadal służyły polskiemu wymiarowi sprawiedliwości. Ich pracę przerwały dopiero naloty niemieckiego lotnictwa. W miarę upływu czasu życie okupowanej Warszawy wróciło do normy. 11 grudnia 1939 Sądy ponownie rozpoczęły swoją działalność, jednakże już pod ścisłą kontrolą i nadzorem niemieckim. Zajmowały część budynku od strony ul. Leszno, w pozostałej części Niemcy zorganizowali swój szpital. W Sądach Grodzkich sprawy rozpatrywali polscy sędziowie, jednak każdy wyrok musiał być zatwierdzony przez władze niemieckie. Spod kompetencji sądów polskich wyłączone były sprawy kryminalne, w których oskarżonym był Niemiec, jak również sprawy cywilne między Polakami a Niemcami.
Z uwagi na spełniane funkcje gmach Sądów nie został w listopadzie 1940 włączony do getta warszawskiego. Stał się miejscem spotkań ludzi z obu stron muru getta – dostęp do budynku mieli zarówno mieszkańcy dzielnicy zamknięty (od strony ulicy Leszno), jak i pozostałej części miasta (od strony ulicy Białej). Te wydarzenia od 2008 upamiętnia jeden z pomników granic getta u zbiegu ulic Chłodnej i Elektoralnej.
Po zakończeniu wojny przystąpiono do odbudowy budynku Sądów. Gmach ocalał, ale piętra V i VI zostały spalone. Odbudowany gmach oddano do użytku w lipcu 1949.