Opozycja na czele z Islamską Partią Tadżykistanu domagała się utworzenia w Tadżykistanie państwa islamskiego a następnie jego przemianę w kalifat rozciągnięty na całą Azję Środkowąhttps://web.archive.org/web/20180715094412/http://www.understandingwar.org/tajikistan-and-afghanistan "hile the IMU still seeks to topple the Uzbek government, it now also wants to establish an Islamic Caliphate that spans Central Asia.". Przebieg walk okazał się niekorzystny dla rządu. Władze zostały zmuszone do ewakuacji z Duszanbe, jednak przy pomocy Rosji i Uzbekistanu udało im się pokonać opozycję i powrócić do stolicy.
17 września 1994 podpisano obowiązujące od 20 września zawieszenie broni. Porozumienie przewidywało również organizację wyborów parlamentarnych i prezydenckich. W tych ostatnich, które przeprowadzono 6 listopada 1994, zwycięstwo odniósł Emomali Rahmon. Wynik został podważony przez siły opozycyjne, co spowodowało powrót do rozwiązania siłowego. Walki ostatecznie przerwano 27 czerwca 1997 roku, gdy w wyniku nacisków Rosji i Iranu podpisano w Moskwie porozumienie pokojowe. Na mocy układu Zjednoczona Opozycja Tadżykistanu uzyskała m.in. 30% stanowisk w administracji rządowej.