Po ustanowieniu państwa Vichy obóz w Gurs odwiedziła specjalna niemiecka komisja, która zadecydowała o wypuszczeniu ok. 700 więźniów narodowości niemieckiej oraz osadzonych za sympatie prohitlerowskie. Od tego momentu większość nowych transportów składała się z Żydów przeznaczonych do wywiezienia do obozów zagłady poza Francją, chociaż były też przypadki odwrotne – dowozu Żydów aresztowanych w Czechosłowacji, Włoszech, Austrii czy Holandii, a nawet w Niemczech i Polsce. Szczególnie natężenie transportów do Gurs nastąpiło od października 1940 za sprawą Roberta Wagnera, gauleitera Badenii i Alzacji, który osobiście zadecydował o osadzeniu w Gurs ok. 14 tys. Żydów z tych regionów. W tym czasie obóz w Gurs był najbardziej przeludniony, a osadzonych dziesiątkowały tyfus i dyzenteria. Ze względu na to władze Vichy zażądały od hitlerowców zaprzestania organizacji transportów Żydów o takim natężeniu, chociaż generalnie utrzymały zgodę na funkcjonowanie obozów w „wolnej strefie”. Począwszy od lipca 1942 Żydzi przetrzymywani w Gurs zaczęli być dzieleni na grupy wysyłane następnie do obozu w Drancy, a stamtąd do Auschwitz-Birkenau. Zdecydowana większość byłych więźniów Gurs, która dotarła do miejsca przeznaczenia, nie przeżyła wojny.