Trzyosobowy personel szpitala został zamordowany siekierami, natomiast polscy pacjenci zginęli w płomieniach, lub według innej wersji również zostali zabici przed budynkiem.
Napastnikom stawiła opór jedynie grupa Polaków na osiedlu "C", z jego murowanych budynków mieszkalnych. Ze swojego obiektu otworzył ogień garnizon niemiecki. Według wspomnienia byłej mieszkanki Janowej Doliny Janiny Pietrasiewicz-Chudy strzelali również cywilni Polacy, którzy przebywali w noc ataku w obiektach garnizonuJanowa Dolina – historia ukraińskiej zbrodni. Iljuszyn i Siemaszkowie uważają, że załoga garnizonu zachowywała się pasywnie podczas zbrodni i otworzyła ogień dopiero przy próbie ataku na jej umocnione pozycje.
Oddziały UPA wycofały się z Janowej Doliny ok. czwartej, gdy nad miejscowością pojawił się niemiecki samolot zwiadowczy. Po wycofaniu się UPA kilkunastu Polaków, którzy posiadali broń, zabiło w odwecie pięcioro Ukraińców oraz małżeństwo Rosjan, których pomyłkowo uznano za UkraińcówG. Motyka, Ukraińska partyzantka, ss. 317-318..