W roku 1920 został dyrektorem szpitala w Seulu, będącym w tym czasie siedzibą japońskiego gubernatora okupowanej Korei. W tym samym czasie otrzymał też etat w seulskiej Wyższej Technicznej Szkole Medycznej (). Od maja do listopada 1924 roku odwiedzał z wykładami uczelnie Europy i Stanów Zjednoczonych.

Po powstaniu w Seulu w roku 1926 Cesarskiego Uniwersytetu Keijō, Kiyoshi Shiga otrzymał stanowisko dziekana Szkoły Medycznej przy tejże uczelni. Od października 1929 roku do października roku 1931 pełnił funkcję rektora Uniwersytetu.

Od roku 1931 ponownie prowadził prace badawcze w Japonii pracując w założonym przez swego mentora Instytucie Kitasato – pierwszej japońskiej prywatnej instytucji badawczej. Pracował tam do roku 1945.

Został odznaczony japońskim Orderem Kultury, a pośmiertnie, w roku 1957, Wielką Wstęgą Orderu Świętego Skarbu.

Życie rodzinne W roku 1900 Shiga ożenił się, a w następnym roku urodziło się pierwsze z jego ośmiorga dzieci – syn Naoshi. Został on później profesorem Uniwersytetu w Tajpej;