W latach 1862–1872 pełnił funkcję dyrektora Galicyjskiej Kasy Oszczędności. Od 1863 wchodził w skład Ministerialnej Komisji Archeologicznej oraz Centralnej Komisji Konserwatorskiej w Wiedniu, biorąc udział w licznych wykopaliskach archeologicznych w całej Galicji. Był kolekcjonerem monet z całego świata, publikując kilka książek z dziedziny numizmatyki (m.in. Katalog monet i medali, 1855). W lipcu 1872 mianowany, a w październiku konsekrowany greckokatolickim biskupem przemyskim.
W latach 1873–1883 był wicemarszałkiem galicyjskiego Sejmu Krajowego. Był członkiem korespondentem Akademii Umiejętności w Krakowie oraz C. K. Centralnej Komisji Archeologicznej w Wiedniu.
thumb|left|200px|Nagrobek J.S. Stupnickiego Był zwolennikiem zgody z narodem polskim. W 1881 otrzymał Order Korony Żelaznej II klasy.
Został pochowany na cmentarzu Głównym w Przemyślu.
Bibliografia S. Stępień: Stupnicki Jan W: Polski Słownik Biograficzny. T. XLV. 2008.