W kolejnym sezonie klub znad Motławy wywalczył awans do I ligi, a Jerzy Kruszczyński zdobył tytuł króla strzelców II ligi.
Od 1988 klub znalazł się ponownie w II lidze. Sytuację uzdrowić miała powstała w 1992 spółka FC Lechia S.A. jednakże już po dwóch latach kłopotów finansowych zespół znalazł się ponownie w III lidze. W 1995 nastąpiła fuzja z I ligową Olimpią Poznań i drużyna, jako Lechia/Olimpia Gdańsk, ponownie występowała w ekstraklasie, tym razem jedynie jeden sezon. W 1997 klub był ponownie III-ligowcem. W celu zbudowania mocnej, profesjonalnej drużyny piłkarskiej w 1998 dokonano następnej fuzji z II-ligową Polonią Gdańsk dając początek Lechii/Polonii Gdańsk. Głównym sponsorem nowego klubu zostało Centrum Handlowe Ptak. Po dwóch latach firmę Antoniego Ptaka w roli sponsora zastąpiło Pomorskie Towarzystwo Leasingowe. mały|220px|Droga Lechii Gdańsk do Ekstraklasy w sezonie 2007/2008 W 2001 Lechia wystąpiła z klubu Lechia/Polonia Gdańsk i rozpoczęła rozgrywki od A klasy (VI ligi), jako nowy klub „Ośrodek Szkolenia Piłkarskiego Lechia Gdańsk” będący kontynuatorem tradycji BKS Lechia Gdańsk. Coroczny awans do wyższej klasy rozgrywek doprowadził drużynę do II ligi (2005), w której Lechia występowała przez kolejne trzy lata.