Został z nich wykluczony po ponownie pozytywnym teście antydopingowym.
Ostatnim meczem piłkarza w reprezentacji było spotkanie z 25 czerwca 1994 Argentyna-Nigeria 2:1 na Foxboro Stadium w ramach mistrzostw świata. Reprezentacja już bez Maradony przegrała ostatni mecz grupowy z Bułgarią 0:2, a w 1/8 finału Argentyńczycy przegrali z Rumunią 2:3 i na tym zakończyli udział w mundialu.
Kariera trenerska Rozpoczął pracę trenerską w argentyńskim I ligowym zespole Deportivo Corrientes w 1994. Nie odniósł sukcesów, zajmując dopiero trzynaste miejsce w Primera División. Po roku przeniósł się do Racing Club, gdzie również nie wiodło mu się najlepiej, a w lidze uplasował się na 12. pozycji.
29 października 2008 został selekcjonerem reprezentacji Argentyny. Na ławce trenerskiej zadebiutował 19 listopada 2008 w meczu towarzyskim ze Szkocją (1:0). Maradona wywalczył z Argentyną awans na Mistrzostwa Świata 2010. Tam prowadzona przez niego reprezentacja dotarła do ćwierćfinału, gdzie przegrała 0:4 z Niemcami i odpadła z turnieju. 27 lipca 2010 dostał propozycję dalszego prowadzenia reprezentacji Argentyny pod warunkiem rozstania się ze swoimi współpracownikami. Maradona zrezygnował z funkcji selekcjonera kadry, ponieważ chciał, by jego sztab został.