W zimowym oknie transferowym 1998 roku Panadić przeszedł do Hamburger SV, grającego w pierwszej lidze Niemiec. W nowej drużynie po raz pierwszy wystąpił 31 stycznia w przegranym 0:3 wyjazdowym spotkaniu z Bayernem Monachium. Przez cztery lata był podstawowym zawodnikiem HSV, z którym w 2000 roku zajął 3. miejsce w lidze. 24 maja 2000 został wybrany do najlepszej jedenastki sezonu w Bundeslidze według niemieckiej stacji telewizyjnej Sat1.
W 2002 roku Panadić odszedł z HSV do japońskiej Nagoyi Grampus Eight. W J-League grał przez 2,5 roku i latem 2004 zdecydował się zakończyć piłkarską karierę.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1988/89 Dinamo Zagrzeb
I liga 28 3 1989/90 Dinamo Zagrzeb
I liga 30 4 1990/91 Dinamo Zagrzeb
I liga 18 0 1991/92 HAŠK Građanski Zagrzeb
Prva HNL 20 0 1992/93 Croatia Zagrzeb
Prva HNL 29 3 1993/94 Croatia Zagrzeb
Prva HNL 23 4 1994/95 Chemnitzer FC
2. Fußball-Bundesliga 32 4 1995/96 Chemnitzer FC
2. Fußball-Bundesliga 33 2 1996/97 KFC Uerdingen 05
2. Fußball-Bundesliga 31 2 1997/98 KFC Uerdingen 05
2.