Alvydas Nikžentaitis (ur. 18 października 1961 w Poniemuniu koło Jurborka) – litewski historyk, wykładowca uczelnialny, były dyrektor Instytutu Historii Litwy.
Życiorys W 1984 ukończył studia na Wydziale Historii Wileńskiego Uniwersytetu Państwowego, po czym podjął pracę jako współpracownik naukowy Wydziału Historii Wielkiego Księstwa Litewskiego Instytutu Historycznego Litewskiej SRR. W 1988 obronił dysertację kandydacką poświęconą walce ludu litewskiego przeciwko niemieckiemu uciskowi feudalnemu w 1. połowie XIV wieku, nostryfikowaną przez państwo litewskie w 1992.
W 1992 wraz z Vladasem Žulkusem założył Centrum Historii Prus i Litwy Zachodniej przy Uniwersytecie Kłajpedzkim, którego został dyrektorem. Od 1993 do 1998 szefował Katedrze Historii Uniwersytetu Kłajpedzkiego, później przez dwa lata współpracował naukowo z Centrum Historycznym Prus i Litwy Zachodniej, by we wrześniu 2000 objąć stanowisko dyrektora Instytutu Historii Litwy. Funkcję sprawował do 2008, ponownie objął to stanowisko w 2019 i pozostał na nim do 2024.