W 1944 roku powrócił do służby czynnej i objął kierownictwo katedry lotnictwa w Wyższej Szkole Wojennej.
W 1946 roku, za namową ówczesnego attaché wojskowego w Londynie pułkownika Józefa Kuropieski, powrócił do kraju i podjął służbę w Wojsku Polskim. Kierował referatem lotniczym w Biurze Studiów Oddziału II Sztabu Generalnego, był wykładowcą lotnictwa w Akademii Sztabu Generalnego. Pomimo wysokich ocen Departament Personalny MON uznał, że „w odrodzonym Wojsku Polskim pozostać nie może”. Nie zezwolono mu na pracę w „Wojskowym Przeglądzie Lotniczym”, zatrudnił się jako inspektor w spółce łowieckiej, a następnie w Sitkówce pod Kielcami jako kierownik bazy sprzętu Państwowego Przedsiębiorstwa Robót Komunikacyjnych nr 1 w Warszawie. mały|320x320px|grób symboliczny płk. Józefa Jungrava na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie Aresztowany 19 marca 1951 pod bezzasadnym zarzutem i sądzony w tzw. procesie odpryskowymM.Szejnert, Śród żywych duchów, jw. s.70 procesu gen. Tatara. Jego zeznania wraz z zeznaniami innych torturowanych oficerów posłużyły do skonstruowania aktu oskarżenia przeciwko gen. Józefowi Kuropiesce, który z kolei w swoich zeznaniach ”przyznał się” do ”utrzymywania kontaktów wywiadowczych za pośrednictwem Józefa Jungrava”. Oficerami prowadzącymi śledztwo byli płk Władysław Kochan oraz jego podkomendni.