Podwozie składało się z czterech kół głównych, chowanych w gondole silnikowe oraz z kółka ogonowego.
Rozpoczęto budowę dwóch prototypów Ju 488 V401 oraz V402, których ostateczny montaż miał odbywać się we Francji, w przejętych przez Niemców (zob. kampania francuska 1940) zakładach firmy Latécoere w Tuluzie. Wewnętrzne części skrzydeł i usterzenie montowano w zakładach Junkersa w Dessau i w Bernburg (Saale), skąd transportowano je do Tuluzy.
W lipcu 1944 roku, z powodu szybkiego zbliżania się alianckich wojsk do Tuluzy, zdecydowano się przewieźć znajdujące się w zaawansowanych stadium montażu płatowce do Barnburga. W nocy z 16 na 17 lipca 1944 roku, grupa partyzantów pod dowództwem M. Elissalde, mechanika z zakładów Latécoère, uszkodziła prototyp V401, uniemożliwiając jego transport. W sierpniu 1944 roku, po ucieczce Niemców z Tuluzy, na bocznicy kolejowej znaleziono porzucony kadłub prototypu V402.
Planowano budowę jeszcze czterech prototypów, od V403 do V406. Miały mieć nowe kadłuby i cztery chłodzone cieczą, 24 cylindrowe silniki rzędowe Jumo 222A/B-3 o mocy 1837 kW (2500 KM).