W 1892 zakończono prace związane z zewnętrznym wyglądem rezydencji, które nabrały tempa po powrocie Crespo z emigracji w Peru. W rok później wykończono wnętrza Miraflores. W 1897 po raz pierwszy pałac pojawił się na planach Caracas, jednak Crespo nie zdążył w nim zamieszkać na stałe, gdyż zginął w początkach 1898. Przez kilka lat, z powodu pozostawionych przez niego długów, dalszy los rezydencji nie był jasny. Dopiero generał Cipriano Castro 29 października 1900 zdecydował o uczynieniu z Miraflores stałej siedziby prezydentów Wenezueli (chociaż formalnie taka decyzja została usankcjonowana dopiero 11 lat później). 1 stycznia 1901, z okazji nowego roku, w pałacu miała miejsce pierwsza oficjalna uroczystość z udziałem głowy państwa. W 1941 na polecenie prezydenta Isaiasa Mediny Angarity Miraflores przeszedł generalny remont.
W latach 1948–1958 w czasie dyktatury wojskowej Miraflores był opuszczony, istniały nawet projekty całkowitej jego rozbiórki. O powrocie władz państwa do pałacu zadecydował po przywróceniu demokracji przedstawicielskiej Romulo Betancourt.