W związku ze zbliżającą się wojną kurs został przerwany, a Michalski 25 sierpnia 1939 przeniesiony do Krakowa, gdzie powierzono mu stanowisko dowódcy plutonu wartowniczego Bazy Lotniczej nr 2 (powstałej z zaplecza 2 pułku lotniczego).
Droga do Francji Po wybuchu wojny z bazą ewakuował się koleją na wschód. W przeciwieństwie do większości lotników nie udało mu się ewakuować do Rumunii, 22 września w nieznanych okolicznościach został wzięty do niewoli przez Armię Czerwoną. Po dwóch dniach udało mu się uciec z wagonu wiozącego polskich oficerów na wschód. 16 października 1939 przekroczył granicę Węgier. 4 listopada dotarł do Budapesztu, w polskiej placówce dyplomatycznej uzyskał pomoc w postaci niezbędnych dokumentów, po czym wyjechał przez Jugosławię i Włochy do Francji. Następnego dnia został skierowany do polskiej bazy w Lyonie i pozostał tam w oczekiwaniu na dalsze szkolenie aż do uderzenia Niemiec na Europę Zachodnią w maju 1940. W czerwcu 1940 został skierowany na kurs obserwatorów do Dinard, a po upadku Francji ewakuował się do Wielkiej Brytanii.