W latach 1876–1878 architekt Hermann Blankenstein dokonał gruntownej restauracji kościoła. W sposób zasadniczy zmieniła się sylweta świątyni, gruntownie przebudowano górną część westwerku, który otrzymał ceglaną kondygnację z dwoma złączonymi ze sobą wieżami nakrytymi ostrosłupowymi strzelistymi hełmami. Podczas walk o Berlin u schyłku II wojny światowej kościół uległ poważnym zniszczeniom. Przez długi czas kościół znajdował się w stanie ruiny – zachowały się mury lateralne filary międzynawowe oraz masyw zachodni (bez zwieńczenia). Świątynia wraz z okolicami weszły w skład Berlina Wschodniego – stolicy NRD. W latach 1982–1987 kościół odbudowano. Ze względu na dobrą akustykę wnętrza dokonano adaptacji świątyni na cele kulturalne, w kościele organizowane są koncerty.
Architektura kościoła Wznoszący się nad przybrzeżną zabudową kościół Świętego Mikołaja z charakterystycznym masywem zachodnim z bliźniaczymi strzelistymi hełmami jest trójnawową halą z wielobocznie zamkniętym prezbiterium z dwukondygnacyjnym obejściem. Zarówno jak korpus nawowy i część prezbiterialna posiadają jednolitą strukturę architektoniczną nakryte wspólnym dachem. Do naw bocznych i ambitu przylegają niskie kaplice nakryte jednospadowymi dachami, które w części wschodniej są oddzielone od siebie za pomocą masywnych przypór.