12 maja 2009 odbyła się oficjalna ceremonia zaprzysiężenia nowego prezydenta. W swoim przemówieniu Ǵorge Iwanow wskazał główne cele prezydentury, do których zaliczył wprowadzenie Macedonii do NATO i Unii Europejskiej. Zapowiedział prowadzenie odpowiedzialnej polityki zagranicznej, opartej na duchu dobrego sąsiedztwa i wzajemnego zaufania, a także poświęcenie szczególnej uwagi stosunkom z Grecją. W uroczystości wzięli udział byli prezydenci Macedonii oraz zagraniczni goście, w tym prezydenci Chorwacji (Stjepan Mesić), Serbii (Boris Tadić), Albanii (Bamir Topi) i Czarnogóry (Filip Vujanović).
W 2014 uzyskał z powodzeniem ubiegał się o reelekcję w wyborach prezydenckich. W pierwszej turze z 13 kwietnia otrzymał blisko 52% głosów. Z uwagi na specyfikę ordynacji wyborczej 27 kwietnia przeprowadzono drugą turę, w której z wynikiem 55% głosów pokonał Stewa Pendarowskiego. W kwietniu 2016, w okresie kryzysu politycznego wywołanego w poprzednim roku ujawnieniem nagrań z nielegalnych podsłuchów, zadecydował o ułaskawieniu polityków objętych postępowaniami karnymi. Wywołało to masowe protesty i wkrótce doprowadziło do częściowego wycofania się z tej decyzji. Urząd prezydenta sprawował do 12 maja 2019.