W 1952 przystąpił do organizowania oddziału poznańskiego, czyniąc to na tyle skutecznie, że w 1956 ustanowiono w Poznaniu siedzibę Instytutu i powierzono mu stanowisko dyrektora naczelnegoWładysław Węgorek – poczet rektorów WSR w Poznaniu (dostęp 2024-01-22).. W związku z tym Władysław Węgorek zakończył pracę w SGGW (gdzie w 1954 powołany został na docenta) i przeniósł się na stałe do Poznania. Obowiązki dyrektora Instytutu Ochrony Roślin łączył z pracą naukowo-dydaktyczną w Wyższej Szkole Rolniczej (późniejsza Akademia Rolnicza, obecnie Uniwersytet Przyrodniczy), gdzie zorganizował i kierował Katedrą Entomologii. W 1959 mianowany profesorem nadzwyczajnym, w tym samym roku powierzono mu obowiązki rektora uczelni, które pełnił do 1965. W 1967 został profesorem zwyczajnym, a także członkiem korespondentem Polskiej Akademii Nauk. W 1976 przyjęty został w poczet członków rzeczywistych PAN. Pracę w Instytucie Ochrony Roślin zakończył w 1988 w związku z przejściem na emeryturę, jego następcą na stanowisku dyrektora został Stefan PruszyńskiJerzy Lipa. 70-lecie urodzin prof. dr h.c. Władysława Węgorka, członka rzeczywistego PAN Dyrektora Instytutu Ochrony Roślin. Prace Naukowe Instytutu Ochrony Roślin 1987, 28 (1-2), s. 5–26 (dostęp 2024-01-23).. Należał do „Solidarności”.