W 1654 król Jan II Kazimierz zatwierdził prawo magdeburskie dla miasta i nadał mu herb z jednorożcem. 25 grudnia 1659 miasto zostało spalone przez wojska moskiewskie Iwana Chowańskiego, które wymordowały mieszkańców zgromadzonych na mszy w kościele. W latach 1663–1664 rezydencja Radziwiłłów została wyremontowana pod kierunkiem ówczesnego administratora dóbr – Swinarskiego. Stał tu w tym czasie pałac z gankiem i rzeźbionymi balustradami, usytuowany na wzniesieniu górującym nad doliną rzeki. Sąsiadował z nim nowo oparkaniony sad, ogród i zwierzyniec oraz dziedziniec otoczony stajniami, stodołami i innymi budynkami gospodarczymi, a na rzece, pomiędzy rezydencją a miastem znajdował się duży staw. W 1662 roku w Zabłudowie ukrywali się arianie: Zbigniew Morsztyn, Samuel Mierzyński, Maciej Przypkowski. Odbył się tu ich ostatni synod, a tutejszy ich zbór przetrwał do 1860Dziedzictwo ekai.pl.
W 1685 pożar zniszczył kościół katolicki i zbór ewangelicki. mały|lewo|Unikatowa drewniana synagoga z 1646 roku, zniszczona w 1941 r.