1400 Żydów zostało wywiezionych do obozu przejściowego w Białymstoku, a stamtąd do obozu zagłady w Treblince. Podczas wojny miasto zniszczono w 50%. W 1944 miasto zostało zajęte przez Armię Czerwoną.

W roku 1965 w mieście miał miejsce tak zwany cud zabłudowskiJerzy Ambroziewicz, Apokalipsa (reportaż). Warszawa 1968Maciej Krzywosz, Cuda w Polsce Ludowej. Białystok 2016.

Rynek mały|Prawosławna cerkiew parafialna Zaśnięcia Bogurodzicy Zabłudowski rynek miał dzisiejszy kształt od początku swego istnienia, który zawdzięcza Grzegorzowi Chodkiewiczowi. Jak na ówczesne czasy był duży, kształtem przypominał kwadrat; w jego krańcach wyznaczono pary ulic wychodzące z każdego rogu, które zbiegały się pod kątem prostym. W jego północno-wschodniej części usytuowano kościół parafialny pw. Wniebowzięcia NMP (w późniejszych czasach kościołowi nadano wezwanie Świętych Apostołów Piotra i Pawła). Po stronie południowo-wschodniej rynku mieści się cerkiew prawosławna pw. Zaśnięcia Bogurodzicy;