Badania przeprowadzone w 2023 i 2024 roku wykazały jednak, że pomiędzy rodzajami Nestor i Strigops występują znaczące różnice genetyczne, dlatego zachodzi potrzeba umieszczenia obu rodzajów w odrębnych rodzinach — Nestoridae i Strigopidae — które razem tworzą nadrodzinę Strigopoidea. Wspólny przodek kakapo i rodzaju Nestor został odizolowany od pozostałych gatunków papug, kiedy Nowa Zelandia oderwała się od Gondwany, około 82 milionów lat temu, przed ich radiacją adaptacyjną. Około 70 milionów lat temu rozeszły się też drogi ewolucyjne kakapo i rodzaju Nestor.
Dawniej ornitolodzy uważali, że papugi kakapo mogą być blisko spokrewnione z australijskimi papugami ziemnymi i papugami nocnymi (rodzaj Pezoporus) ze względu na podobne ubarwienie, lecz współczesne badania obalają tę tezęRichard Schodde & Mason, I.J. (1981). Nocturnal Birds of Australia. Illustrated by Jeremy Boot. Melbourne: Lansdowne Edns 136 pp. 22 pls [35-36]; kamuflażowe ubarwienie wydaje się być raczej adaptacją do środowiska lądowego, która rozwinęła się w obu tych przypadkach niezależnie.