Pozostał wśród ministrów również za czasów premiera Paula Keatinga, kierując resortami produkcji pierwotnej i energii, a później zatrudnienia, edukacji i szkoleń.
Po przejściu ALP do opozycji, Crean kandydował na lidera partii. Został wybrany na to stanowisko dopiero za drugim podejściem, w roku 2001. Nie zdołał jednak odbudować pozycji partii w sondażach i w 2003 zrezygnował z przewodzenia jej. Przez cały okres 1996-2007 pozostawał członkiem gabinetu cieni. Po powrocie ALP do władzy pod wodzą Kevina Rudda w 2007 roku, został ministrem handlu. Był jedynym członkiem ekipy Rudda, który zasiadał także w gabinet dwóch poprzednich premierów z ramienia ALP. W 2010, po przejęciu kierownictwa w ALP i w rządzie przez Julię Gillard, zostały mu powierzone (równocześnie) trzy stanowiska związane z kwestiami społecznymi: ministra edukacji, ministra ds. relacji w miejscu pracy oraz ministra ds. integracji społecznej. We wrześniu 2010 został przeniesiony na stanowisko ministra regionalnej Australii, rozwoju regionalnego i samorządów lokalnych, równolegle pełnił też urząd ministra sztuki.