Organizacja kierowana przez Kane'a rozwinęła się przy pomocy funduszy, zdobytych na nielegalnych badaniach nad Tyberium. Przez cały XX wiek Nod nie ustawał w podżeganiu konfliktów w różnych ważnych miejscach, zapewniając narodom pieniądze oraz broń, dzięki którym lojalność wobec Bractwa wzrastała. Tyberium ma dla Nodu kluczowe znaczenie. Jak na razie niewiele wiadomo o tym minerale, ale wiadomo że jest to trująca substancja dla wszystkich żywych organizmów. Tyberium jest używane przez Nod do produkcji arsenału wojennego. Jednak najcenniejszym źródłem informacji o tej tajemniczej substancji jest uczony GDI – Ignatio Mobius, chemik i genetyk, który poświęcił całe swoje życie na badanie Tyberium. Dlatego też dr Mobius został porwany przez Bractwo Nod, aby pomógł w badaniach nad substancją. W międzyczasie również zaobserwowano wzmożoną działalność nowej jednostki specjalnej Nod, zwanej "Czarną Dłonią".
Do zadania uratowania dr Ignatio Mobiusa z rąk Bractwa i zdobycia informacji o nowej jednostce, został powołany członek sławnego Dead-6 – kapitan Nick "Havoc" Parker. Będzie on musiał na swojej drodze pokonać wielu przeciwników – członków Bractwa, m.in. przywódcę "Czarnej Dłoni" – Raveshav'a oraz jego pomocnika – Mendozę.