Burckhardt pozostał w Syrii przez dwa następne lata często przebywając wśród pustynnych nomadów, wyprawiając się do ruin starożytnej Palmyry do Damaszku, wędrując po Libanie i Palestynie. W trakcie przygotowań do podróży przyjął nazwisko Ibrahim Ibn Abdullah i przeszedł na islam. W ciągu tych dwóch lat tak dobrze poznał Koran, zwyczaje i język, że z powodzeniem mógł uchodzić za Araba.
Podróże W czerwcu 1812 roku ruszył wreszcie do Kairu, gdzie miał zamiar dołączyć się do którejś z karawan kupieckich utrzymujących łączność z Murzukiem, stolicą Fazzanu w dzisiejszej Libii. Po drodze na nowo odkrył dla Europejczyków wykutą w skale Petrę, nie odwiedzaną od czasów wypraw krzyżowych.
Gdy dotarł we wrześniu do Egiptu, okazało się, że w najbliższym czasie żadna karawana do Fazzanu nie odejdzie. W związku z powyższym podjął wyprawę w górę Nilu, rozpoczynając podróż z miejscowości Isna (55 km na południe od Luksoru) i docierając aż do III katarakty. W marcu 1813 roku, w drodze powrotnej na północ, zwiedził monumentalną świątynię Ramzesa II w Abu Simbel.