Alojzy Gembala zauważył, że Dariusz I z pewnością był zainteresowany planami wyprawy na Naksos ze względu na to, że ta największa wyspa leżącego w środkowej części Morza Egejskiego archipelagu Cyklady mogła stanowić doskonały przyczółek do podboju Grecji kontynentalnejA. Gembala, op. cit., s. 19.. Tymczasem tyrani miast jońskich mogli być zainteresowani zahamowaniem rozprzestrzeniania się ustroju demokratycznego w basenie Morza Egejskiego.
Siły stron konfliktu Jakkolwiek Arystagoras prosił Artafernesa o przeznaczenie do wyprawy na Naksos 100 trier (trójrzędowców), perski satrapa wyraził zgodę na zgromadzenie aż 200 okrętów, które miały zostać dostarczone przez miasta greckie w JoniiA. Krawczuk, Maraton, Warszawa 1995, s. 196.. Koszty kampanii miał pokryć Arystagoras. Zgromadzona flota miała przewieźć wojska lądowe złożone zarówno z Persów, jak i JonówA. Gembala, op. cit., s. 18–19.. Towarzyszyły im oddziały wystawione przez naksyjskich oligarchów. Liczebność sił inwazyjnych można oszacować na podstawie wzmianek Herodota z Halikarnasu, dotyczących liczby zbrojnych przewożonych na trierach – w księdze VII swoich Dziejów pisał on, że każdy perski okręt biorący udział w wyprawie Kserksesa na Grecję w 480 r. p.n.e. przewoził 30 wojowników, natomiast z księgi VI jego dzieła dowiadujemy się, że w trakcie bitwy pod Lade w 494 p.n.e.