Przebieg działań Flota jońska zebrała się w Milecie wiosną 499 r. p.n.e. Dowództwo nad poszczególnymi eskadrami okrętów sprawowali tyrani miast, które je wystawiły. Celem zaskoczenia Naksyjczyków Persowie mieli rozpowszechniać informacje o tym, że rzekomym celem zebranej floty wojennej są ziemie nad Hellespontem. Aby uwiarygodnić swój podstęp Persowie i Jonowie popłynęli na północ, zatrzymując się na Chios. Według Herodota na wyspie tej doszło do sporu między Arystagorasem, a Megabatesem. Perski wódz rozkazał skrępować przyjaciela Arystagorasa – Skylaksa – i wystawić jego głowę za burtę przez otwór na wiosło za to, że nie wystawił on straży nad dowodzonym przez siebie okrętem. Tyran Miletu miał nakazać uwolnienie Skylaksa, jak również wyrazić swoją wyższość nad Megabatesem. Urażony Pers rzekomo wysłał na Naksos poselstwo z ostrzeżeniem o nadciagającej wyprawie. W świetle narracji Herodota przesądziło to o niepowodzeniu persko–jońskiej wyprawy, gdyż Naksyjczycy przygotowali się na oblężenie poprzez zgromadzenie zapasów żywności i umocnienie murów miejskich. Większości historyków informacja o zdradzie Megabatesa wydaje się mało wiarygodna, przede wszystkim ze względu na pozycję perskiego wodza i jego koligacje z DariuszemA. Krawczuk, op. cit., s. 197.. Ponadto tabliczki z Persepolis poświadczają, że w latach 492–486 p.n.e.