Dzięki trzeciemu miejscu w sezonie 1977/78 Lokomotíva wziął udział w Pucharze UEFA w sezonie 1978/79. Już w pierwszej rundzie drużyna ze Słowacji trafiła na trudnego rywala – włoski klub A.C. Milan. W Mediolanie AC Milan wygrał 1:0. W Koszycach Ján Kozák na 9 minut przed końcem spotkania wyrównał stan dwumeczu, doprowadzając do dogrywki. Ponieważ dogrywka nie przyniosła rozstrzygnięcia, sędzia zarządził rzuty karne. Zwycięzcą okazał się AC Milan, wygrywając 8:7.
Kolejny Puchar Czechosłowacji zdobyty w 1979 roku pozwolił klubowi na trzeci i ostatni jak dotąd występ w europejskich pucharach – w Pucharze Zdobywców Pucharów w sezonie 1979/80. W pierwszej rundzie Lokomotíva wyeliminował austriacki klub SSW Innsbruck, wygrywając oba mecze – na wyjeździe 2:1 i u siebie 1:0. W 1/8 finału rywalem był zdobywca Pucharu Jugosławii klub HNK Rijeka. W Koszycach Lokomotíva wygrała 2:0, jednak w Rijece rywale już w pierwszej połowie wyrównali straty. W drugiej połowie dodali jeszcze jedną bramkę i dzięki wysokiemu zwycięstwu 3:0 do ćwierćfinału awansowała drużyna jugosłowiańska.