Kierował organizacją corocznych Sesji Naukowych Instytutu Ochrony Roślin.
Do 2008 pod kierunkiem Stefana Pruszyńskiego powstało pięć rozpraw doktorskich, a dwóch wychowanków habilitowało się. Pruszyński jest również recenzentem prac doktorskich i habilitacyjnych oraz wniosków o nadanie tytułu profesora.
W latach 1984–1986 brał udział w pracach Komitetu ds. Nauki i Postępu Technicznego przy Radzie Ministrów. W 1987 został członkiem Komitetu Ochrony Roślin Polskiej Akademii Nauk. Przewodniczy Polskiemu Towarzystwu Ochrony Roślin, jest także członkiem instytucji i towarzystw zagranicznych, m.in. Europejskiej Organizacji Ochrony Roślin (członek Komitetu Wykonawczego) i Białoruskiej Akademii Nauk Rolniczych (członek zagraniczny). Zasiada lub zasiadał w Radach Naukowych m.in. Instytutu Ochrony Roślin w Poznaniu, Instytutu Uprawy, Nawożenia i Gleboznawstwa w Puławach, Centralnego Ośrodka Badania Odmian Roślin Uprawnych w Słupi Wielkiej. Należy do Związku Zawodowego Pracowników Rolnictwa (w latach 70.