Zorganizował również I obchód święta oświaty w maju 1946.
W 1915 rozpoczął pod egidą Towarzystwa Naukowego Warszawskiego kontynuację Bibliografii Estreichera W ciągu 25 lat, początkowo sam, a później z pomocą zespołu bibliotekarzy, zgromadził ponad 125 tys. opisów bibliograficznych wydanych w Polsce w okresie 1901–1925. Materiał obejmujący litery A–R, przygotowany do druku w 1940 spłonął w czasie powstania warszawskiego.
W żywej publicystyce zawodowej reprezentował najbardziej postępowe poglądy okresu międzywojennego. Pionierski charakter miała jego działalność w dziedzinie kształcenia bibliotekarzy, począwszy od systematycznego kursu na Wolnej Wszechnicy Polskiej (1926–1938), aż do założenia pierwszej w Polsce Katedry bibliotekoznawstwa na Uniwersytecie Łódzkim (1945–1953). Na Uniwersytecie Łódzkim przeprowadził też przewód habilitacyjny z bibliotekoznawstwa (1948) i pierwszy doktorat w tej dziedzinie (1952). Praca naukowo-badawcza Muszkowskiego szła w kierunku metodycznego bądź historycznego opracowania różnorodnych zagadnień, wchodzących w skład nauki o książce, jak: dokumentologia, początki drukarstwa, czytelnictwo i socjologia książki. Z pracą nad bibliografią wiążą się zainteresowania Muszkowskiego statystyką druków.
Jego córką jest Joanna Muszkowska-Penson.