Przez rok pracował jako zastępca nauczyciela (suplent) w Krakowie i Lwowie.
W związku z planami reaktywacji studiów geograficznych na Uniwersytecie Jagiellońskim postanowiono znaleźć kandydata, który po ukończeniu zagranicznych studiów objąłby Katedrę Geografii, zlikwidowaną przez władze zaborcze w 1853. Zdecydowano się na Franciszka CzernegoByć może była to forma rekompensaty za wstrzymanie habilitacji.. W październiku 1874 wyjechał on do Wiednia, gdzie uczęszczał na wykłady z geografii fizycznej, mineralogii, klimatologii, geologii i astronomii; rozpoczął również naukę języka angielskiego i pisanie rozprawy dotyczącą geografii Gabonu i źródeł rzeki Ogowe. W kwietniu 1875 przeniósł się na uniwersytet w Lipsku. Na seminarium u Oscara Peschela przedstawił wspominaną pracę. Jej poziom i dojrzałość wywarły duże wrażenie, przygotowania do druku przerwała jednak śmierć Peschela (ostatecznie opublikowano ją w 1876). Dzięki przedłużeniu stypendium rządowego Czerny mógł kontynuować studia.