Produkcja, zastosowanie bojowe He 50aL, nazwany zgodnie z niemieckimi zasadami He 50 V1, został zaprezentowany niemieckiemu ministerstwu obrony w 1932. W rezultacie uzyskano zamówienie na 3 egzemplarze rozwojowe i serię próbną liczącą 60 samolotów He 50A-1, wykonaną w 1933. Chiny złożyły zamówienie na 12 zmodyfikowanych samolotów (oznaczono je He 66b). W 1935 rozpoczęto dostarczanie samolotów do pierwszej niemieckiej jednostki nurkującej, potem stopniowo do kolejnych 9. Zostały w nich jednak szybko zastąpione przez samoloty nowych typów: Henschel Hs 123 i Junkers Ju 87 i skierowane do jednostek treningowych.
W 1943 istniejące egzemplarze He 50 zostały przekazane do jednostek specjalizujących się w nocnych atakach operujących na froncie wschodnim, gdzie do września 1944 wykorzystywane były do nalotów nękających.
Spotyka się informacje, że w 1934 roku 12 samolotów w wersji eksportowej He 66 zostało zamówionych przez Chiny, ale nie dostarczonych, lecz brak jest potwierdzenia takiego zamówienia, jak również brak jest dokumentów potwierdzających późniejsze dostarczenie zamiast nich w 1936 roku 12 samolotów He 50B LuftwaffeLennart Andersson. A History of Chinese Aviation - Encyclopedia of Aircraft and Aviation in China Until 1949, AHS, 2008, , s.