Po powrocie ze Svalbardu Andrée krótko pracował na stanowisku technicznym w Królewskim Instytucie Technologicznym, a następnie rozpoczął pracę w urzędzie patentowym, gdzie od 1895 roku pełnił funkcję głównego inżyniera. W 1891 roku został wybrany do rady miasta Sztokholmu z listy partii liberalnej – opowiadał się za skróceniem czasu pracy pracowników miejskich i zaproponował budowę podziemnej sieci obejmującej wodociągi, kanalizację, sieć elektryczną.
W 1892 roku Andrée poznał Francesco Cettiego, pilota balonów i wkrótce dzięki dotacji fundacji Larsa Hierty (1801–1872) kupił własny balon „Svea”. Na przestrzeni dwóch lat odbył 9 lotów, podczas których prowadził badania naukowe. Prawdopodobnie jako pierwszy w Szwecji wykonał zdjęcia lotnicze. Jako pierwszy odbył lot balonem ze Szwecji do Finlandii. Przeleciał ponad 1300 km w ciągu mniej niż 40 godzin przy średniej prędkości 30 km na godzinę. Podczas lotów doszedł do wniosku, że do sterowaniem balonem można używać lin do kontrolowania wysokości lotu. Wkrótce zaczął planować wyprawę balonem na biegun północny.
Wyprawa balonowa na biegun północny 240px|thumb|Członkowie wyprawy Andréego: Nils Ekholm, Nils Strindberg i S.A.