Rok 1985 był historycznym sezonem, bowiem Freddie stał się ostatnim podwójnym mistrzem świata w najwyższych kategoriach - 250 cm³ oraz 500 cm³. W obu seriach nie miał sobie równych, zwyciężając po siedem wyścigów. Warto dodać, iż w każdej reprezentował fabryczną Hondę. Sezon ten był jednak ostatnim, w którym Amerykanin stanowił czołówkę MMŚ.
W kolejnych dwóch latach Spencer zmagał się z kontuzjami. Przede wszystkim doskwierał mu uraz nadgarstka. Wielu fachowców uważało, iż było to spowodowane udziałem w dwóch rundach naraz. Freddie wystartował łącznie w sześciu eliminacjach, spośród których dwukrotnie dojechał do mety. Jedyne punkty uzyskał podczas GP Szwecji, gdzie zajął siódmą lokatę. W GP Hiszpanii po raz ostatni w karierze startował z pierwszej pozycji. Po sezonie 1987 Amerykanin opuścił mistrzostwa.
Powrócił dwa lata później, nawiązując współpracę z zespołem Marlboro Yamaha, prowadzoną przez legendę serii Włocha Giacomo Agostiniego. Forma Spencera odbiegała jednak wyraźnie od najlepszych czasów. W pierwszej dziesiątce znalazł się zaledwie czterokrotnie, a najlepszą uzyskaną pozycją okazał się piąta lokata w GP Hiszpanii. Skromny dorobek punktowy usytuował go na odległej 16. lokacie.