Prezydentura Był kandydatem w wyborach prezydenckich, które odbyły się 5 kwietnia i 14 czerwca 2014. Oskarżenia o oszustwa wyborcze spowodowały paromiesięczny spór pomiędzy uczestnikami drugiej tury, Ghanim oraz byłym ministrem spraw zagranicznych Abdullahem Abdullahem. 21 września 2014 dwaj kontrkandydaci podpisali porozumienie, na podstawie którego zwycięzcą wyborów ogłoszono Ghaniego, Abdullah Abdullah miał objąć przywrócone po 13 latach stanowisko premiera. W ceremonii podpisania paktu uczestniczył odchodzący po 13 latach prezydent Hamid Karzaj. Urząd prezydenta Afganistanu objął 29 września 2014.
Rezygnacja i ucieczka Po rozpoczęciu zbrojnej ofensywy Talibów w połowie 2021 roku, która doprowadziła do przejęcia przez rebeliantów kontroli nad większością prowincji i miast w Afganistanie 15 sierpnia front dotarł do stolicy, Kabulu. Tego samego dnia media przekazały doniesienia o ucieczce Ghaniego z kraju do sąsiedniego Tadżykistanu, by 18 sierpnia uzyskać azyl w Zjednoczonych Emiratach Arabskich.