Feliksa Kozłowska została jako pierwsza kobieta w historii chrześcijaństwa imiennie ekskomunikowana. Kapłanom mariawickim, również pod groźbą ekskomuniki, wyznaczono 20 dni na zerwanie z ruchem. Dzień 30 grudnia 1906 uważa się za datę wyłączenia mariawitów z Kościoła rzymskokatolickiego. W tej sytuacji mariawici – 33 duchownych, s. Maria Franciszka Kozłowska z siostrami zakonnymi i rzeszą wiernych – utworzyli niezależny Kościół.

Władze carskie wydały 28 listopada 1906 dekret uznający Związek Mariawitów za prawnie istniejący w cesarstwie rosyjskim. Nakazały jednak mariawitom opuszczenie kościołów parafialnych. Wobec tego nakazu urzędowego mariawici w okresie czterech lat zbudowali 38 kościołów i 34 kaplice, organizując odrębne parafie w archidiecezji warszawskiej oraz diecezjach płockiej, lubelskiej, kieleckiej, sandomierskiej i sejneńskiej. W chwili odłączenia się od Kościoła rzymskokatolickiego mariawici mieli 45 tysięcy wiernych, a w latach późniejszych liczba ta wzrosła. W parafiach obok pracy duszpasterskiej, zmierzającej do ożywienia życia religijnego, prowadzono działalności kulturalno-oświatowe i charytatywne. Podczas pasterki 24 grudnia 1906 kapłani mariawiccy odprawili pierwszą Mszę świętą w języku polskim w kaplicy sióstr w Płocku. W roku 1918 Kościół posiadał m.in.