Swoboda i Wilhelm Fliess Wilhelm Fliess oskarżył Swobodę o kradzież idei biorytmu – doszło do sporu o prawa autorskie. Fliess podejrzewał o to również Otto Weiningera, temu ostatniemu zarzucał jednak kradzież idei biseksualności, a ponieważ wiedział, że informacje na ten temat uzyskał on od Swobody, ten zaś zaczerpnął je od Freuda, oskarżył wszystkich trzech. Na zarzuty Swoboda opowiedział ogłoszeniem pamfletu pt. Die gemeinnützige Forschung und der eigennützige Forscher. Antwort auf die von Wilhelm Fliess gegen Otto Weininger und mich erhobenen Anschuldigungen (1906).
Dzieła Verstehen und Begreifen. Diss. Wien 1901. Die Perioden des menschlichen Organismus in ihrer psychologischen und biologischen Bedeutung. Leipzig, Wien 1904. Studien zur Grundlegung der Psychologie. Leipzig, Wien 1905. Die gemeinnützige Forschung und der eigennützige Forscher. Antwort auf die von Wilhelm Fließ gegen Otto Weininger und mich erhobenen Anschuldigungen. Leipzig, Wien 1906. Harmonia animae. Leipzig, Wien 1907. Die kritischen Tage des Menschen und ihre Berechnung mit dem Periodenschieber. Leipzig, Wien 1909. Otto Weiningers Tod. Wien, Leipzig 1911. Das Siebenjahr. Untersuchungen über die zeitliche Gesetzmäßigkeit des Menschenlebens. Band I: Vererbung. Leipzig, Wien 1917. Gedanken über den Denker und das Denken.