Kommando 99 - specjalna jednostka SS sformowana w niemieckim obozie koncentracyjnym Buchenwald, której zadaniem była egzekucja jeńców radzieckich. W latach 1941–1945 ofiarą Kommanda 99 padło około 8000 żołnierzy radzieckich.
Kommando zostało utworzone na mocy decyzji Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy (RSHA), a powstało w listopadzie 1941. Jego nazwa pochodzi od telefonicznego numeru wewnętrznego do obozowej stajni w Buchenwaldzie, gdzie do połowy 1943 miały miejsce masowe egzekucje. Jeńców radzieckich (w tym komisarzy politycznych, Żydów, członków inteligencji i partii komunistycznej oraz urzędników państwowych) przeznaczonych do zamordowania wyselekcjonowano na mocy decyzji gestapo i przywożono do Buchenwaldu z Weimaru w grupach liczących od 10 do 50 osób. Sam sposób przeprowadzenia egzekucji został opracowany w Inspektoracie Obozów Koncentracyjnych w Oranienburgu. Mordy odbywały się w stajni, która została przerobiona na lekarską izbę przyjęć. Esesmani byli ubrani w białe fartuchy. Jeńcom mówiono, że przywieziono ich na rutynowe badania medyczne, a następnie ustawiano pod ścianą pod pozorem mierzenia wzrostu i zabijano strzałem z pistoletu w tył głowy. W czasie całej operacji puszczano głośną muzykę by zagłuszyć odgłosy egzekucji. Ciała ofiar przewożono ciężarówkami do obozowego krematorium i w sekrecie palono.