Wybrane publikacje Instrukcijos feodalinių valdų administracijai Lietuvoje XVII-XIX a., parenge Zigmantas Kiaupa, Juratė Kiaupienė Vilnius: Lietuvos TSR Mokslų Akademijos 1985. Kaimas ir dvaras Žemaitijoje XVI-XVIII a. Monografija, Vilnius: „Mokslas”, 1988. Instrukcijos feodalinių valdų administracijai Lietuvoje XVII-XIX a. (wraz z Z. Kiaupą, 1985) Šiaulių miesto istorija (iki 1940 m.), Šiauliai 1991 Lietuvos istorija iki 1795 m. (wraz z Z. Kiaupą i A. Kuncevičiusem, 1995) Zigmantas Kiaupa, Jūrate Kiaupiene, Albinas Kuncevičius, Lietuvos istorija iki 1795 metu, Vilnius: „ARLILA” 1998. 1385 m. rugpjūčio 14 d. Krevos aktas, sudare Jūrate Kiaupiene, Vilnius: „Žara” 2002. Eliasz Pielgrzymowski (Elijas Pilgrimovijus), Didžioji Leono Sapiegos pasiuntinybe i Maskva 1600–1601 m, parenge Jūrate Kiaupiene, Vilnius: Žara 2002. „Mes, Lietuva”: Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės bajorija XVI a.: (viešasis ir privatus gyvenimas), Vilnius: Kronta, 2003. XVI amžiaus Lietuvos ir Lenkijos politinės kultūros šaltiniai: (1562 metų tekstai), parengė Vilnius: Eugrimas 2008. Valentino Saurmano laiškai imperatoriui Ferdinandui I iš Žygimanto Augusto Vilniaus dvaro: (1561–1562 m.), sudarė Darius Antanavičius, Vilija Gerulaitiene, Jurate Kiaupiene, parengė Darius Antanavičius, Vilnius: „Lietuvos pilys” 2009.