Raport wskazywał także, iż w czasie poprzedzającym feralny patrol okręt miał kilka nieusuniętych problemów technicznych, nienależycie funkcjonujące systemy bezpieczeństwa oraz przed swoim ostatnim zadaniem przeszedł jedynie skrócony remont.
Konstrukcja
Kadłub Bardzo istotnym założeniem konstrukcyjnym nowych okrętów była wysoka prędkośćNorman Friedman: U.S. Submarines Since 1945..., s. 125-139., stąd też wyeliminowano powszechnie dotąd występującą wystającą kopułę sonaru oraz do minimum ograniczono płaską powierzchnię pokładu. Wyrzutnie torpedowe umieszczono w dwóch poziomych − zamiast pionowych − rzędach z sonarem aktywnym AN/SQS-4 powyżej oraz pasywnym AN/BQR-2B poniżej nich. „Scorpion” był okrętem większym o połowę niż nieco wcześniejsze jednostki typu Barbel pod względem wyporności nawodnej. Wymagania napędu nuklearnego spowodowały, iż był znacznie dłuższy, posiadał też większą średnicę. Podczas gdy typ Barbel miał płaski pokład, Skipjack otrzymał kadłub o rewolucyjnym wówczas zaokrąglonym w przekroju poprzecznym kształcieNorman Polmar: Cold War Submarines..., s.133-136.. Z dziobu na kiosk przeniesione zostały stery głębokości jednostki.