Układ napędowy uzupełniał pojedynczy wał napędowy z jedynie jedną śrubą. W celu zapewnienia amerykańskim okrętom możliwości powrotu z patrolu po jej ewentualnym uszkodzeniu, „Scorpion” został wyposażony w zapasowy napęd elektryczny z opuszczaną śrubą awaryjną. Pewnym novum było zastosowanie także dodatkowego wysuwanego silnika o mocy 325 KM, którego zadaniem była pomoc przy manewrowaniu. Silnik ten mógł się odwracać w zakresie 360°, co znacznie ułatwiało manewrowanie okrętowi wyposażonemu w tylko jedną śrubę napędową. W ten sposób typ Skipjack otrzymał kształt kropli i jeden wał napędzający pięciołopatową śrubę o średnicy 4,57 m, z konwencjonalnym jednak krzyżowym usterzeniem (zamontowanym jednakże przed śrubą). Przyjęta konfiguracja okrętów okazała się sukcesem z punktu widzenia osiągnięcia założeń − system napędowy z oryginalną pięciołopatową śrubą zapewniał im możliwość pływania w zanurzeniu z prędkością 33 węzłów, o 15 węzłów większą niż szybkość poprzedników − okrętów typu Skate. „Scorpion” był jednak głośny, co było efektem kilku czynników, w tym zwłaszcza braku doświadczenia w konstruowaniu okrętów podwodnych z tym rodzajem napędu oraz szybkością podwodną jako pierwszoplanową cechą, której wymagano od okrętów typu SkipjackNorman Polmar, Cold War Submarines..., s.