Wkrótce po ceremonii Beatrycze wyjechała do Luksemburga, pozostawiając swojego małego syna Wacława. Od tej pory rzadko przebywała w Czechach, większość czasu spędzając w Luksemburgu.
W 1346 po śmierci Jana Luksemburskiego jego syn Karol potwierdził postanowienia umowy ślubnej. Przekazał macosze w dożywocie majątki w Hennegau z zastrzeżeniem, że po jej śmierci przypadną jej synowi Wacławowi lub innemu hrabiemu luksemburskiemu. Zatwierdził jej majątek wdowi wynoszący 6000 liwrów zabezpieczonych na dobrach i zamku Damvillers, gdzie zamieszkała, dobrach Marville i Arlon. Tych dochodów miała użyć nie tylko na własne potrzeby, lecz także na wychowanie syna. Karol pozostawił jej również wszystkie ruchomości i dochody z kopalń w Kutnej Horze. Beatrycze miała do dyspozycji także dochody pozostawione jej przez ojca, które były zabezpieczone na dobrach Creil.
W 1347 Beatrycze zaręczyła syna Wacława z Joanną Brabancką. Ślub nastąpił 13 marca 1352 w Nivelles.
Potomstwo Jan Luksemburski i Beatrycze Bourbon mieli dwoje dzieci: Wacław I (ur. 25 lutego 1337, zm. 7 grudnia 1383) Bonna (rok urodzenia i śmierci nieznany)