Kaplica dolna Kaplica dolna ma powierzchnię 600 m² i może pomieścić ok. 2000 wiernych. Posiada kryptę grobową, w której znajduje się marmurowy sarkofag z ciałem księdza Józefa Kurzei, które przeniesiono z cmentarza grębałowskiego zaraz po zakończeniu budowy tej części kościoła. Spoczywa tu także drugi proboszcz mistrzejowicki (były wieloletni kanclerz Kurii Krakowskiej) ks. prałat Mikołaj Kuczkowski. W krypcie tej przewidziano także miejsca pochówku dla osób zasłużonych dla mistrzejowickiej parafii.
Nad ołtarzem głównym dolnej kaplicy znajduje się rzeźba Jezusa Ukrzyżowanego wykonana przez artystę rzeźbiarza Bronisława Chromego. Po obu stronach znajdują się dwa stylizowane na ikony prawosławne wizerunki św. Józefa (patron ks. Kurzei) i św. Mikołaja (patron ks. Mikołaja Kuczkowskiego, który na osobistą prośbę kardynała Wojtyły podjął się budowy kościoła i dzieło to doprowadził do końca). W ołtarzu bocznym po lewej stronie znajduje się wizerunek Matki Boskiej Częstochowskiej, przed którym w czasie stanu wojennego i później w latach 80. msze za Ojczyznę odprawiał ksiądz Kazimierz Jancarz. Na „czwartkowych” mszach bywali: ksiądz arcybiskup, metropolita przemyski Ignacy Tokarczuk, ksiądz Henryk Jankowski, ksiądz Jerzy Popiełuszko oraz przywódca zdelegalizowanej Solidarności Lech Wałęsa. W sierpniu 1988 r.